Factura Electrónica 4.4 y Zonas Francas: Tributación aclara el IVA en servicios extranjeros

Introducción

Desde el 1 de septiembre de 2025, la Dirección General de Tributación (DGT) exige que todas las empresas emitan comprobantes electrónicos versión 4.4, conforme a la resolución MH-DGT-RES-0027-2024 y el Reglamento de Comprobantes Electrónicos N.º 44739-H.

Este cambio se enmarca en el proyecto Hacienda Digital del Ministerio de Hacienda y busca fortalecer el control fiscal, mejorar la trazabilidad de las exoneraciones y facilitar la automatización de las declaraciones tributarias, en particular las relacionadas con el Impuesto al Valor Agregado (IVA).

Principales cambios de la versión 4.4

La actualización introduce ajustes técnicos relevantes en el archivo XML (formato digital de la factura electrónica):

  • Clasificación detallada del IVA por línea de producto o servicio, incluyendo todas las tarifas (13 %, 4 %, 2 %, 1 % y 0 %).
  • Fundamento legal obligatorio para cada exoneración o operación no sujeta.
  • Identificación del proveedor del sistema de facturación, lo que permite a la DGT validar automáticamente el cumplimiento.
  • Desglose individual de ítems incluidos en combos y paquetes promocionales.

Para las empresas en Régimen de Zonas Francas, esta versión refuerza la obligación de documentar con mayor precisión sus operaciones amparadas en beneficios fiscales.

Inversión del sujeto pasivo: concepto clave

En condiciones normales, cuando una empresa costarricense adquiere servicios o bienes intangibles de un proveedor no domiciliado, aplica el mecanismo de la inversión del sujeto pasivo (o autorepercusión), regulado en el artículo 29 de la Ley de Fortalecimiento de las Finanzas Públicas, N.º 9635.

Esto significa que:

  • El proveedor extranjero no cobra IVA.
  • La empresa en Costa Rica debe autofacturarse y declarar el impuesto mediante un comprobante electrónico de compra.

El nuevo criterio de la DGT para Zonas Francas

Un pronunciamiento reciente de la Dirección General de Tributación, emitido tras consulta formal de una empresa bajo el artículo 119 de la Ley General de la Administración Pública, aclara que:

  • Las empresas de Zonas Francas no están obligadas a aplicar inversión del sujeto pasivo en adquisiciones de servicios o intangibles de proveedores no domiciliados.
  • Se mantiene la exención de IVA contemplada en la Ley de Zonas Francas (N.º 7210, artículo 20).
  • En consecuencia, no deben emitir facturas electrónicas de compra en esos casos.
  • El único comprobante válido es la factura emitida por el proveedor extranjero.

Importante

Esta exoneración no aplica cuando:

  1. El servicio o bien adquirido no está vinculado con la actividad autorizada en el acuerdo ejecutivo de Zona Franca.
  2. Se trata de ventas locales efectuadas por la propia empresa, donde sí corresponde repercutir el IVA.

Impacto práctico para las empresas

De no existir este criterio, las compañías de Zonas Francas habrían tenido que duplicar registros, emitiéndose facturas de compra y declarando impuestos que en la práctica estaban exentos.

Con la aclaración de la DGT se confirma que estas empresas mantienen el beneficio de no autorepercutir el IVA, lo que reduce cargas administrativas y evita inconsistencias en sus declaraciones.

Recomendaciones

  1. Actualizar sistemas de facturación y ERP para garantizar compatibilidad con la versión 4.4.
  2. Capacitar al personal contable y fiscal en el uso de los nuevos campos XML y en la correcta aplicación de exoneraciones.
  3. Clasificar adecuadamente las actividades económicas según los códigos CIIU 4 asociados al régimen.
  4. Documentar cada operación exenta, adjuntando contratos, facturas extranjeras y soportes que acrediten el vínculo con la actividad autorizada.
  5. Realizar pruebas piloto de emisión 4.4 antes del cierre fiscal 2025, para evitar rechazos de comprobantes en el sistema de Hacienda.

Conclusión

La factura electrónica versión 4.4 representa un avance hacia una fiscalización más automatizada y detallada en Costa Rica.

El criterio reciente de la DGT ofrece claridad y seguridad jurídica a las empresas de Zonas Francas, confirmando que no deben aplicar inversión del sujeto pasivo en servicios o intangibles de proveedores extranjeros.

La adaptación oportuna a la nueva normativa tecnológica y fiscal será esencial para evitar sanciones y asegurar la continuidad de los beneficios bajo el régimen.

Jorge Gutiérrez Guillén, CPA
Socio Fundador | JGutierrez Auditores Consultores S.A.
Costa Rica | 🌐consultoresjg.com
+506 2552-5433 |+506 8811-5090
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Jorge Gutiérrez Guillén

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